Гора Фудзи представляет собой вулкан, который по оценкам геологов появился 600 000 лет назад в течение эры Плейстоцена. Последний раз этот вулкан извергался в 1707 году и является теперь бездействующим. Согласно буддистской традиции, Фудзи поднялся из земли в 286 году до н.э. после землетрясения, которое также создало Озеро Бива (самое большее озеро в Японии). Фудзи Сан воспринималась людьми, как священная гора с первых поселений людей в окрестностях горы. Первоначально Фудзи была священной горой для Айну, коренных жителей Японии. Для синтоистов (современные последователи «родной» религии японцев), гора Фудзи является священным местом богини Сенген-Сама и воплощением духа природы. Последователи секты Фудзико считают, что сама гора — это священное существо с душой. Хотя особенно важно для синтоистов, Фудзи является также священным местом для японских буддистов, которые почитают гору, воспринимая ее, как ворота в другой мир.