Предположение о том, что Гора Крестов в современной Литве выросла на месте, где в древние времена располагалось капище язычников, имеет свои косвенные подтверждения. Например, сходство резных орнаментов, украшающих традиционные литовские кресты с предметами символического языческого культа, таких, как солнце. С символикой же христианских крестов эти орнаменты и мотивы пересекаются мало.

Однако есть и другие версии происхождения этой горы. По одной из них возникновение Горы Крестов относится к гораздо более позднему периоду – времени восстания 1831 года, которое было подавлено жестким вмешательством Российской империи. В честь павших в этом сражении литовцев якобы и были установлены здесь первые кресты.

Но все это — попытки объяснения возникновения горы с исторической точки зрения. Однако такое место не может не быть опутано и легендами. Одна из них рассказывает о католическом монастыре, который по неизвестным причинам ушел под землю. Впоследствии кто-то поставил на намоленном месте первый крест, это помогло человеку, и традиция закрепилась.

Гору пытались уничтожить четыре раза: в 1964 году и в последующие 20 лет. Кресты сносились бульдозерами, но восстанавливались вновь.